
В период с 2009 по 2016 год выступала за сборную команду России по плаванию. Среди достижений — участие в XXX летних Олимпийских играх в Лондоне в 2012 году, двукратная победительница XXVII Всемирной летней Универсиады в Казани, серебряный призёр XXVIII Всемирной летней Универсиады в Кванджу (Республика Корея).
В 2011 году окончила Белгородский государственный национальный исследовательский университет по специальности «физическая культура». С 2020 года — тренер-преподаватель по плаванию МБУДО «Спортивная школа №2».
Также Маргарита Нестерова — сооснователь и главный тренер школы плавания «Proплыви», которую открыла в 2016 году. Депутат Белгородского городского Совета по единому избирательному округу.