История Контрольно-счетной палаты началась в январе 2001 года. На заседании девятой сессии второго созыва Белгородского городского Совета депутатов принято решение № 98 от 26 января 2001 года об образовании Счетной палаты Белгородского городского Совета депутатов штатной численностью 3 человека. Первым руководителем Счетной палаты в составе представительного органа города Белгорода стал Филатов Владимир Перфирьевич.
В начале 2008 года Счетная палата Белгородского городского Совета депутатов преобразована в Контрольно-счетную палату города Белгорода с присвоением ей статуса юридического лица. С этого момента Контрольно-счетная палата, являясь органом местного самоуправления города Белгорода, осуществляет свою деятельность самостоятельно, обладает организационной и функциональной независимостью.
С ноября 2009 года Контрольно-счетную палату Белгорода возглавлял Спицын Владимир Васильевич, а с ноября 2014 года пост председателя Контрольно-счетной палаты города замещает Сорокина Светлана Викторовна.
С октября 2011 года по 31 декабря 2021 года штатная численность Контрольно-счетной палаты города составляла 11 единиц. С 1 января 2022 года штат сотрудников Палаты увеличен на 2 единицы аудиторов.
Контрольно-счетная палата города Белгорода — постоянно действующий орган внешнего муниципального финансового контроля, основной целью деятельности которого является всесторонний контроль за формированием и исполнением городского бюджета, управлением и распоряжением муниципальным собственностью, а также за эффективностью и законностью расходования бюджетных средств и использования муниципального имущества.
Контрольно-счетная палата Белгорода является членом Совета контрольно-счетных органов при Контрольно-счетной палате Белгородской области, созданным в целях повышения качества контрольной и экспертно-аналитической деятельности, результативности внешнего государственного и муниципального финансового контроля.
С 2002 года, с момента создания Союза муниципальных контрольно-счетных органов, Контрольно-счетная палата города является его членом, кроме того, председатель Палаты входит в состав Ревизионной комиссии Союза МСКО, а также в состав Совета представительства Союза муниципальных контрольно-счетных органов в Центральном Федеральном Округе. Деятельность Союза МКСО направлена на решение задач по развитию единой системы внешнего муниципального финансового контроля и ее совершенствованию в условиях реформирования бюджетного процесса, на реализацию положений, содержащихся в бюджетном Послании Президента Российской Федерации, выполнение решений, принятых Общим Собранием (XIII Конференцией) членов Союза МКСО.